本发明提出了一种服务器风扇冗余测试的方法和系统，该方法包括：获取待测服务器风扇的初始转速；设置任意一组风扇的转速为零，等待第一时间后，获取其余待测风扇的当前转速，将其余待测风扇的当前转速与初始转速进行对比，判断其余待测风扇的当前转速波动是否超过波动阈值；如果未超过，运行CPU压力工具，间隔第二时间，获取其余待测风扇的实际转速，并判断其余待测风扇的实际转速是否达到最大。基于该方法，本发明还提出了一种服务器风扇冗余测试的系统。本发明修改CPLD的逻辑，断掉BMC与风扇的信号通道，实现BMC与风扇的物理隔离，可以在不插拔风扇的情况下或风扇故障下，实现风扇冗余的功能测试，整机散热策略的稳定性。