本申请提供发动机启停控制系统和方法。该发动机启停控制系统包括：至少一个行驶信息感测模块；处理器，其与行驶信息感测模块电气连接，并且包括至少驾驶员行为预测模块和发动机启停控制模块；其中，驾驶员行为预测模块配置为：根据来自行驶信息感测模块的信号和驾驶员历史数据来判断在预定时间内发生发动机启停状态改变的第一改变概率，并判断第一改变概率是否超过第一改变阈值；然后判断在当前时间处发生发动机启停状态改变的第二改变概率，并且判断第二改变概率是否超过第二改变阈值；在第一改变概率超过第一改变阈值且第二改变概率超过第二改变阈值时，发动机启停控制模块操作发动机进行启停状态改变。