本发明公开了一种储层流动单元水淹程度的判别方法及系统，该方法包括：采集油藏地质特征参数及开发动态数据；根据油藏地质特征参数及开发动态数据进行流动单元划分，得到储层流动单元；利用油藏数值模拟方法得到油藏数值模拟结果，根据油藏数值模拟结果，基于储层流动单元的分布表征剩余油分布；根据油藏数值模拟结果和油井生产动态，建立不同水淹级别下油井含水率与油井周围含水饱和度的交会关系，得到利用含水饱和度判别水淹层的标准；根据剩余油分布数据，结合利用含水饱和度判别水淹层的标准判别储层流动单元的水淹程度，得到每种储层流动单元对应的水淹程度；本发明可有效识别出不同储层流动单元的水淹级别，为新井部署提供有力的技术支撑。