本发明涉及生物工程技术领域，且公开了一种生物工程膜分离过滤设备，包括进液口，进液口的一端固定安装有三通管，所述三通管的另一端固定连接有进液管，所述进液管的中间固定安装有单向阀，所述三通管的底端固定连接有分流管，所述分流管的底端固定连接有活塞筒，所述活塞筒的内部活动安装有活塞。本发明通过进液时的压力推动活塞右移，使得挡水板旋转，将进液过滤时的滤浆导入滤浆收集槽中，滤渣积满后停止进液，通过压力机将滤渣压制为滤饼，同时利用此压力使挡水板保持导流，使得压滤时流出的滤浆仍能导入收集槽中，压滤完毕后停止加压，挡水板在自身重力的作用下下落，使得滤饼可以落至滤饼排放处，实现了滤浆与滤饼的自动分离。