本发明公开了一种双水源自动交替灌溉系统，包括管道装置系统和自动控制系统，所述管道装置系统包括在作物行两侧分别设置的两组带有电磁阀的输水毛管，所述自动控制系统包括分别为每组电磁阀配制的、分别位于作物行两侧的两支土壤水分传感器，以及中央智能控制器。本发明还公开了使用前述系统进行灌溉的应用。本发明在作物行两侧均设置毛管作为水源，通过设置作物行两侧的土壤湿度相互关系及其与四支土壤水分传感器和两组电磁阀的相互作用关系，集成创新现代传感器技术与智能控制技术，为节水灌溉自动化提供了新的高效且实用的技术手段。