本发明提供一种自吸式纸基微流体燃料电池堆，包括：上盖板和下盖板；设置在上盖板和下盖板之间的主体，主体包括：多个竖直堆叠的燃料电池单体；集流器，设置在上盖板和主体之间。本发明通过燃料电池单体的竖直紧密堆叠，基于毛细流动实现了多个燃料电池单体阳极液和阴极液的同时自动进液，解决了微流体燃料电池堆中阳极液和阴极液进液时复杂的流体分配问题，减小了微流体燃料电池堆的体积，并摆脱了微流体燃料电池堆进液时对外泵的依赖，且燃料电池单体中双阳极与双阴极的设置，既促进了反应液的充分利用，又可通过气体扩散层的直接接触实现燃料电池单体间的电连接，减少系统复杂度。