本发明公开了一种震致损伤无砟轨道不平顺谱的建立方法及计算系统，通过建立高速铁路无砟轨道‑桥梁系统多尺度仿真模型，开展大量的不同水准地震作用下的系统非线性地震响应分析，获得轨道附加不平顺样本；然后将该轨道附加不平顺样本与初始轨道不平顺样本叠加得到叠加轨道不平顺样本；进而根据该叠加不平顺样本求得地震作用后轨道不平顺谱；再根据地震作用后无砟轨道不平顺谱求得相应的不平顺平均谱和界限谱，并进行分段拟合，获无砟轨道不平顺平均谱、无砟轨道不平顺界限谱图及其拟合公式。本发明方法能快速准确地提供高速铁路桥梁轨道各关键构、部件因地震损伤后桥上轨道的不平顺谱，为高速铁路桥梁安全行车及抗震设计提供了重要的理论基础。