本发明公开了一种利用喷雾干燥技术制备肠溶复合微胶囊的方法，属于微胶囊制剂技术领域。该方法适合于包埋益生菌或者双氯芬酸钠等固体药物粉末，采用天然高分子材料如酪蛋白，胶原蛋白为肠溶型微胶囊壁材，在常温下利用复凝聚法与喷雾干燥相结合的工艺，制备大小均匀的肠溶复合微胶囊。该方法能够减少喷雾干燥过程中高温对微胶囊中芯材的影响，并将芯材有效地包埋，提高了产品的稳定性，操作简单，适合于工业化生产。制备得到的肠溶复合微胶囊安全无毒，在人工胃液中2h内不会出现崩解，可以避免包埋药物对胃黏膜的刺激，掩盖不良气味，并在人工肠液中0.5h内可以达到有效释放。