本实用新型公开了一种在线过滤自吸式毛细管电喷雾离子源，包括进样结构、高压电极以及高压电源；进样结构包括中空毛细管、多孔材料以及装有样品溶液的储液容器，多孔材料内置在储液容器内，中空毛细管的一端与多孔材料的一端相互连接，中空毛细管分为主体端和顶端，所述高压电极延伸至储液容器内；质谱仪包括三重四极杆质谱仪、飞行时间质谱仪或离子阱质谱仪。本实用新型具有制作简单，可以省去样品制备过程中的过滤步骤，并且能稳定的喷雾，灵敏度高，降低仪器的检测限等特点。该离子源可与常见的质谱仪如三重四极杆质谱仪、飞行时间质谱仪、离子阱质谱仪等相兼容，可推广到其它的质谱分析中，应用范围广，实用性强。