本实用新型公开了一种自动调节流速的水冷散热器结构，包括底板和导热板，底板顶部一端自左向右依次固定设有水箱、抽水泵和调速机构，调速机构包括两个立柱、一个固定板、一个步进电机，一个压板一个套筒和一个螺纹柱，两个立柱的底端均固定在底板的顶端，固定板底部的两端分别与两个立柱的顶端固定连接，步进电机固定在固定板顶端的中部，压板位于底板与固定板之间，且压板的两端分别滑动套设在两个立柱的外表面，套筒旋转插接在固定板的底端。本实用新型通过减小其水流横截面积的方式带动达到提高水流流速的目的，这样水流通道中的水流流动速度加快，就可以让快速的将导热板上的热量带走，进而可以对设备散发的温度进行有效的排出。