本实用新型公开了一种高效医用空气压缩系统。本实用新型提供的医用空气压缩系统包括依次连接的第一空气压缩机、第一空气干燥装置及第一过滤装置，所述第一过滤装置的输出端通过管道与医用空气管网连接；其中，所述第一空气干燥装置包括第一干燥塔和第二干燥塔，所述第一干燥塔和第二干燥塔并联设置。本实用新型的高效医用空气压缩系统的结构设计合理，可靠性高，设置有对空气进行压缩、干燥、过滤除杂的第一空气压缩机、第一干燥装置及第一过滤装置，第一干燥装置具有同时运行或交叉运行的两个干燥塔，工作效率高，能保证持续稳定地向医用空气管网输出医用压缩空气，还能对干燥塔内的干燥剂进行脱吸附处理，有利于延长系统的使用寿命。