船载式藻水分离及尾水处理装置，包括均设置在作业船的甲板上的吸污泵、旋流分离器、泥沙收集箱、液压振动筛、挤压式螺旋提升机、藻泥收集箱、沉淀箱和清水箱。本实用新型采用物理方法进行藻水分离及尾水处理，并采用分级分离的方法，基于旋流分离器和可调频、调幅的液压驱动偏心振动装置和沉淀箱，分别使大颗粒泥沙、藻类和细粒度泥沙分别得到分离，且可调频、调幅的液压振动筛对不同浓度及含量的藻泥混合物具有良好的工况适应性。本实用新型涉及的藻水分离及尾水处理过程环保，符合生态藻水分离的要求，具有作业效率高、环保节能、安全可靠的优点，且避免了化学絮凝剂对水质的二次污染，对保证渠道水体质量和输水安全具有重大意义。