本实用新型公开一种散热器主板定位装置及包含其的散热器芯体装配机，包括底座、主板靠模和主板夹持机构，主板靠模连接在底座上，主板夹持机构包括平行设置在主板靠模两侧上的夹持板，底座上设有一个能驱动两夹持板平行于主板靠模相互靠近或远离的驱动部件，当两夹持板相互靠近时能对主板的两侧形成柔性夹持作用。本实用新型的散热器主板定位装置将主板装配到散热管两端上的过程中，当散热管的端部与主板上的插孔对位不精准时，散热管对主板的接触作用力会带动主板抵抗并挣脱两夹持板的夹持作用，使主板能自适应地调整位置，使主板上的插孔能自动地对准到散热管的端部，以便于主板能顺畅精准地装配到散热管的端部上去，保证了散热管不被压坏。