本实用新型公开了一种厌氧菌菌种保存箱，包括底板、顶板和位于底板与顶板之间可转动的转轴以及固定安装在转轴侧壁上的两个转盘，底板与顶板之间的两侧及后端相卡接有三个挡板，一侧挡板的内部开设有两个窗口，两个窗口与两个转盘相对应，每个窗口的内端壁上均开设有一对第一滑轨，第一滑轨的内壁上滑动连接有两个相对的窗门，两个窗门的相对面上固定安装有一对相匹配的触点，顶板靠近窗口的一侧固定安装有风机，风机位于两个窗口的正上方，风机与每对触点之间均呈负相关串联。通过多个培养皿分开培养能方便工作人员进行菌种的提取和放置，并且通过载放槽能增加培养皿的载放稳定性，从而也提高了装置对菌种的保存稳定性。