本实用新型公开了一种用于生物制药的高效分离纯化多层过滤装置，具体涉及过滤设备技术领域，包括装置罐体，所述装置罐体顶部设置有第一滤仓，所述装置罐体底部设置有第二滤仓，所述装置罐体顶端面一侧设置有进料斗，所述装置罐体顶端面中部设置有转动轴，所述装置罐体内部设置有过滤机构；所述过滤机构包括分隔板，所述分隔板设置于第一滤仓底部，所述分隔板表面设置有第一滤板。本实用新型通过第一滤板、第二滤板进和精滤膜实现多层过滤效果，过滤效果好，利用回流泵抽取第二滤仓中一部分药液，并利用回流管输送回第一滤仓，药液重新与药渣混合，实现对药液的循环过滤，方便药渣中的药用成分析出，提高药液的纯度。