本实用新型涉及自动灌溉技术领域，尤其为一种虹吸式自动灌溉系统，包括矩形水箱，所述矩形水箱安装在水坝上，所述矩形水箱的内部安装有用于隔断水流的阻隔结构，所述阻隔结构的右侧设有控制器，所述矩形水箱的上方设有用于抽水的抽水结构，所述矩形水箱底部的两侧均设有虹吸式水斗，所述虹吸式水斗的底部连通有存水箱；本实用新型通过将装置设置在靠近水坝的位置，有效的解决了水源的问题，并利于虹吸式水斗对水流进行虹吸转移，接着利用阻隔结构、抽水结构和控制器，可以在水坝水位较低时，可以进行自动抽水作业，并对水流进行有效阻隔和存储，无需人工添加水源，有效的保证了灌溉系统的水源问题。