本实用新型公开了一种用于肠菌分离的过滤器，包括由上至下依次连接的采样罐、过滤罐和底罐，所述采样罐内设置有采样罐搅拌装置和翻转装置，所述采样罐的底部设置有采样罐出液口，所述采样罐出液口上设置有采样罐压盖，所述采样罐压盖与所述翻转装置连接，翻转装置用于将采样罐压盖翻转一定角度；所述过滤罐内设置有动力装置，所述过滤罐由若干滤圈层叠而成，所述滤圈上放置有滤网，相邻滤圈连接形成一开放空间，所述开放空间内设置有用于搅拌的搅拌器，多个搅拌器由上至下依次连接形成搅拌装置，所述搅拌装置与所述动力装置连接；所述底罐上设置有负压口，所述负压口与负压泵连接。