一种芽孢染色器，包括染色模块和支撑架，还包括安装于支撑架顶部的低速染液漏斗和冲洗漏斗，以及安装于支撑架底部的废液盘，所述染色模块用在染色固定操作中导热的过渡盘以及安装于过渡盘表面的循环玻片架。低速染液漏斗和冲洗漏斗均位于循环玻片架上方，底盘中部设有用于固定酒精灯的酒精灯槽，酒精灯槽位于过渡盘下方。该芽孢染色器设计结构合理具有细菌染色的通用性，能够同时对多个玻片进行染色操作处理；其结构牢固，质地耐腐蚀，易清洗，经久耐用，在染色过程中省去大量枯燥的人力操作步骤。该种芽孢染色器整体方便干净快捷以及可明确染液的用量，并可保证在实验过程中快捷滴出染色剂并在染色结束后便于清洗。