一种无人自动污水处理船蜂群控制系统，其特征是包括指挥中心和若干污水处理船。提供了一整套完整的无人污水处理船的控制系统及控制方法，具有功能全面，适应大流域、污染情况复杂的区域，为全天候的污水处理提供了解决方案，通过同时能够通过指挥中心的综合调度和污水处理船自响应两种控制模式，能够实现多船只的集群作业，同时能够提高污水处理船的响应效率，且具有实时监测功能，大大提高了污水的及时处理的能力，从而大大提高了大流域水体的污水处理效率，具有推广应用价值。