本申请公开了一种基于Flash的嵌入式文件系统及文件系统操作方法，在接收到操作指令后，依据其指示的操作模式向运行区写入对应的控制信息，根据对文件系统操作，更新运行区中的控制信息，在操作完成后，使用运行区中更新后的控制信息替换目标控制信息，在替换成功后，需要将替换后的控制信息置为有效后，控制信息存储区的有效控制信息发生变化，才能说明文件操作完成，本申请发生异常关闭或掉电的情况，不管是在文件系统的操作过程中，还是在操作完成后，若未将替换后的控制信息置为有效，则控制信息存储区的有效控制信息未发生变化，文件系统保持原文件系统，从而提高了文件系统访问过程中的抗异常和抗掉电能力，确保文件系统的有效性。