本发明公开了一种电子设备双向匹配与认证系统，基于一次性密码在两台电子设备之间实现一对一匹配，包括：一次性密码生成模块，通过与上述两台电子设备分别相关联的令牌来分别生成一次性密码；一次性密码互换模块，在上述两台电子设备之间直接互换在上述一次性密码生成模块所生成的两个一次性密码；密码认证与令牌发放模块，分别对上述两台电子设备发放令牌，并基于与上述令牌共享的秘密产生预期一次性密码，通过将上述预期一次性密码分别与接收到的上述一次性密码相比较来实施密码认证；以及应用服务器模块，安装有用于支持上述两台电子设备的服务器端应用程序，并在上述一次性密码生成模块与上述密码认证与令牌发放模块之间传递数据。