本发明涉及从异质的澄清流体混合物中纯化目标分子的方法和设备。涉及一种用于从异质组织培养流体混合物中或一种用于从组织培养流体流中分离目标蛋白的设备。本发明的设备一般包括连续灌流发酵系统、与所述灌流发酵系统集成的连续颗粒去除系统；和维持在无菌条件下与所述颗粒去除系统集成的连续纯化系统。所述方法包括以比流速通过连续的超滤来过滤异质的澄清流体混合物，所述比流速低于流量对比TMP曲线的压力依赖性区域中目标分子的转变点，其中在整个连续超滤中维持所述比流速基本上恒定。