本发明公开了一种具有厌氧氨氧化活性的浮霉状菌的分离、鉴定方法，即先分离浮霉状菌，再以厌氧条件下同时转化氨和亚硝酸盐的能力作为判据，确认该菌为厌氧氨氧化菌，最后鉴定该菌的分类地位。它采用了一种适合浮霉状菌生长的培养基，在基本无机盐培养基中添加微量酵母膏或葡萄糖。同时采用一种新的厌氧氨氧化菌鉴定程序。即先纯化菌株，确认厌氧氨氧化活性，再鉴定菌种。本发明的优点是：1)可以获得厌氧氨氧化菌的纯培养物，为微生物学研究和工业化应用提供菌种；2)易探明被分离菌株的生理生化特性，便于菌种保藏和大量扩增；3)分离、鉴定程序简单，结果可信。