本发明涉及一种利用嗜热嗜酸菌处理硫化矿技术，其特征在于，包括下列工艺步骤：将耐高温、耐低pH值的嗜热嗜酸菌经过筛选与驯化获得高效生物氧化菌株；对高效生物氧化菌株进行扩培，得到菌体浓度达到1×10⁸个/L以上的接种液；将接种液、硫化矿矿粉、及适合嗜热嗜酸菌生长的生产培养基混合，进行硫化矿的生物氧化浸矿反应，经过反应，当硫化矿矿粉中黄铜矿的铜离子溶出70％以上，或黄铁矿的晶格结构70％以上被破坏时，终止反应。该技术可通过微生物的直接氧化作用和代谢产物的间接氧化作用，将载有金或铜等贵重金属的难处理硫化矿中的硫化物氧化成为可溶性的硫酸盐或易浸出的状态，达到破坏硫化物晶格，从而释放贵重金属离子的目的。