本发明公开一种物流稽核系统及方法，该物流稽核系统及方法与具有物流管理数据库的企业资源规划系统及具有报关管理数据库的报关系统连接，先建立该物流数据与该报关数据对应关系的对应数据表，再输入待稽核物品的物流数据，根据该物流数据选取相对应的物品数量信息，通过该对应数据表读取对应该物流数据的报关数据，选取与该报关数据相对应的报关数量信息，将该物品数量与报关数量进行对比，在其数量出现差异时输出警告信息。本发明可有效对企业物流进行监控和管理，提高了物流稽核效率，并通过该警告信息，可以使企业及时进行异常问题的处理，确保企业向海关提供的企业资源规划数据信息的准确性和可靠性。