本发明公开了一种泰妙菌素合成过程中用的截短侧耳素原料的制备方法，包括将含有截短侧耳素的湿菌体干燥，得到干菌体，再用甲基乙丁基甲酮为溶媒在常温下进行萃取，得到的萃取液过滤，弃滤渣，滤液经浓缩，得到截短侧耳素浓缩液。本发明工艺简单，不需将截短侧耳素分离，可直接进行泰妙菌素的合成收率高；易操作；采用一种溶媒，比现有工艺节约溶媒用量10％左右；收率高，比现有工艺泰妙菌素的合成收率可提高10～15％。