本发明涉及一种自动分离流路装置，它包括溶剂瓶、输液泵、六通阀、分离元件、及样品瓶和收集瓶；所述溶剂瓶通过管路连接所述输液泵，所述六通阀通过管路连接所述分离元件，所述分离元件通过管路连接所述收集器，其特征在于：它还包括三个分别通过管路连接所述六通阀的三通阀，一个柱塞泵和一采样/收集器；第一个所述三通阀的一个出口连接一废液管，另一个出口通过管路连接所述输液泵；第二个所述三通阀的另两个进出口分别通过管路连接所述柱塞泵和溶剂瓶；第三个所述三通阀的另两个进出口分别通过管路连接所述分离元件和采样/收集器。本发明不但克服了现有技术中繁琐的手工操作，而且可以提高分析效率和分析结果重复精度，同时流路简单，降低仪器生产成本和日常维护费用。