本发明涉及一种医用流体恒温加热系统及其控制方法，尤其适用于对流动液体快速、恒温加热。其特征在于：其包括温度传感器、压力传感器、温控电路、电磁加热电路、加热容器，其中加热容器分为加热区和测温区；温度传感器连接温控电路，控制电磁加热电路的功率；压力传感器、加热区上方的温度传感器检测的信息分别用于判断截流和断流，控制停止加热。本发明利用电磁感应原理通过金属材料加热流体，热效率高，瞬间测温显示，智能变频控制功率，保证不同流量下流体的恒温输出，截流、断流自动停止加热，操作过程完全符合无菌原则，而且电流与人体绝对隔离。